Para ver apenas se um site usa o diretório virtual "SomeDirectory" você usaria
appcmd list vdir /app.name: SITENAME / SomeDirectory
(trocando SITENAME pelo nome do seu site).
No entanto, se você quiser fornecer um diretório físico e obter todos os sites que o usam, será necessário um comando mais complicado, canalizando a saída da lista vdir para o aplicativo de lista no site de lista:
appcmd list vdir /physicalPath:C:\inetput\wwwroot\SomeDir /xml | appcmd list app /xml /in | appcmd list site /in
(troque o caminho físico de acordo com suas necessidades).