O% 1 de RewriteRule vem da mesma condição de RewriteRule (. *), e você combina a string de consulta com o próprio URI.
Solução 1: mova ou copie seu padrão no segundo RewriteCond para a condição de RewriteRule.
Com base nos comentários e em uma suposição, o que você gostaria de alcançar, de alguma forma assim:
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www\.)?domain.com$
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/site-search\.html$
RewriteRule [?&]searchword=([^&]*) http://www.domain.com/advanced-search#q=%1 [R=301,L,NE]
Solução 2: explore o sinalizador [QSA] de RewriteRule, que acrescenta toda a string de consulta ao uri resultante para você. (não para o Apache 2.2)