Você deve usar a versão 0.90.10 do Elasticsearch with Graylog2 0.20. Está usando o protocolo binário e geralmente não são compatíveis entre versões, infelizmente.
Esta linha:
org.elasticsearch.transport.RemoteTransportException: Failed to deserialize exception response from stream
é o que elimina o problema, o protocolo é diferente, então o cliente Elasticsearch não pode se conectar ao servidor. Se você usar 0.90.10, funcionará.