Obrigado ao DerfK por me apontar a página correta:
Acontece que esse Apache está agindo exatamente como projetado. Ele permite várias extensões e simplesmente escolhe a extensão mais adequada que reconhece.
Isso pode ser lido aqui: link
A solução foi adicionar md5
em relação a text/plain
em /etc/mime.types
. Em seguida, reinicie o apache para que ele reconheça a alteração.