Porque você não precisa alterar nada dentro de cada diretório Maildir (ou seja, dentro da pasta que contém os diretórios cur , new , tmp e os índices dovecot), movendo o diretório diretórios ao redor com um script será perfeitamente seguro e suficiente.
A única exceção a isso é para a própria caixa de entrada, porque você a tem diretamente em ~/Maildir agora e gostaria de movê-la para um subdiretório. Mas, mesmo assim, acho que um script que é cuidadoso sobre quais arquivos ele move e quais não é o melhor caminho a percorrer. Se você mover todos os arquivos simples de ~/Maildir para ~/Maildir/INBOX (abrange todos os arquivos de índice do Dovecot) mais cur , new , tmp (abrange o conteúdo) e deixe todos os outros subdiretórios sozinhos (abrange outras pastas) então eu acho que deveria fazer o truque.