Mesmo que não seja Enumeração Baseada em Acesso, os arquivos podem ficar invisíveis para usuários que não têm permissão para acessá-los. A palavra "mudou" na sua primeira sentença pulou em cima de mim. Estou assumindo que o aplicativo que cria os arquivos está sendo executado como administrador de domínio ou como conta de serviço. Quaisquer arquivos criados por esse processo terão permissões limitadas. Um arquivo movido manterá suas ACLs. No entanto, se você copiar o arquivo, a cópia será considerada uma nova entidade e assumirá as permissões da pasta pai onde ela é criada.
Primeiro, verifique as permissões dos arquivos em questão para verificar o que eles são. Tente fazer login em um dos PCs do usuário como administrador do domínio e veja se consegue ver o arquivo dessa maneira. Por fim, suponho que você deseje modificar seu processo para que copie os arquivos em vez de movê-los. Você pode então excluir os arquivos de origem se não precisar mais deles.