O repositório EPEL é destinado ao uso com o Red Hat Enterprise Linux e seus clones (por exemplo, CentOS, Scientific Linux). Não é garantido que funcione com outras distribuições, mesmo que elas usem o RPM. Como o Amazon Linux não é um clone do RHEL, (era um fork e é significativamente diferente hoje) e não é garantido como compatível com pacotes construídos para o RHEL, é por isso que não está funcionando.
A única coisa que você pode fazer é remover o repositório EPEL ou alternar para uma distribuição diferente do Amazon Linux.