Elastic beanstalk handles resourcing for your application, so why would I want to use CloudFormation to specify them?
O EB pode cuidar facilmente de uma pilha da web simples com camadas de balanceamento de carga, aplicativo e db. E se o seu aplicativo for mais complexo que isso? E se você precisar do memcache? E se você precisar de vários níveis de aplicativo? Etc, etc.
Elastic Beanstalk supports single command deployments, however these would not be possible if used with CloudFormation
Se suas necessidades são simples, basta usar o EB. Se você tem mais complexidade ou se deseja mais controle, use o CFN.
Elastic Beanstalk allows you to customise the deployment by way of .config files, do .config files work in tandem with CloudFormation templates?
Não especificamente.
If I were using CloudFormation to specify my infrastructure, then what advantages does Elastic Beanstalk bring to the table?
Controle, flexibilidade e facilidade de adicionar mais camadas, se necessário.