Na sua definição de SSL, adicione isto
Alias /php5-fcgi /usr/lib/cgi-bin/php5-fcgiSSL
FastCgiExternalServer /usr/lib/cgi-bin/php5-fcgiSSL -socket /var/run/php5-fpm.sock -pass-header Authorization
O erro que você teve foi devido à dupla definição do alias
Alias /php5-fcgi /usr/lib/cgi-bin/php5-fcgi
Criando um alias com outro nome (neste caso, php5-fcgiSSL), seu problema é resolvido