Caso você já tenha tentado com
$ sudo apt-get update
E não funcionou, você pode estar acertando esse bug S3 do APT + Amazon . Você pode querer tentar com estas soluções:
# echo "Acquire::http::Pipeline-Depth "0";" > /etc/apt/apt.conf.d/90-fix-s3
# sudo apt-get update
# sudo apt-get install your-package-name
E se isso não funcionar, simplesmente pare de usar o S3 da Amazon como repositórios do Ubuntu e volte para os originais:
# sed -i 's/us-east-1/us/g;' /etc/apt/sources.list
# sudo apt-get update
# sudo apt-get install your-package-name