Isso não é uma opção nem uma. Use qualquer ferramenta que funcione para você. Eu uso o aptitude, apt-get e Software Updater em alguns sistemas.
Estes são principalmente front-ends diferentes na frente dos mesmos dados. aptitude
usa apt-get
entre outras ferramentas. Não me preocupei em descobrir quais ferramentas o Software Updater usa, mas espero que apt-get
seja uma delas.