Os instantâneos no Hyper-V incluem, além dos discos virtuais, o estado da memória e os processadores virtuais (juntamente com várias outras coisas). Portanto, ao aplicar o instantâneo, qualquer coisa que estivesse na memória das máquinas virtuais os sistemas de arquivos nos discos virtuais ainda estão lá e ainda são coerentes. Os sistemas de arquivos nos discos virtuais não são corrompidos especificamente porque estão em sincronia com o estado da memória do sistema operacional em execução na VM.
Se você fosse excluir um VHD do instantâneo e aplicasse o instantâneo, o sistema de arquivos no VHD seria imediatamente corrompido, porque o estado do sistema de arquivos na memória assumiria que o disco virtual estava no mesmo estado como o momento em que o instantâneo foi tirado. Ele liberaria as gravações pendentes, que então seriam gravadas no VHD. E como o VHD não fazia parte do instantâneo, as estruturas em disco teriam mudado e agora é lixo.
Se você realmente quer um sistema de arquivos que não vem junto com o instantâneo, que será coerente quando o instantâneo for aplicado, você precisará tornar esse sistema de arquivos externo à VM em si ou precisará torná-lo somente leitura. A resposta mais fácil, é claro, seria colocar os arquivos que você deseja manter constantes em um compartilhamento de arquivos em um servidor de arquivos em algum lugar. Você também pode criar uma imagem ISO - elas são somente leitura.