A atualização do apache 2.2 para o apache 2.4 mudou a diretiva de MaxRequestLen para FcgidMaxRequestLen . Como você pode ver na documentação vinculada, a diretiva FcgidMaxRequestLen só pode ser usada na configuração do servidor e Contextos de host virtual .
Então, para responder a sua pergunta, não, você não pode fazer essa alteração no .htaccess.