Por padrão, deve sempre passar de volta a resposta do aplicativo WSGI.
Existem apenas duas maneiras pelas quais posso ver isso de outra forma.
O primeiro é que você está usando o modo daemon mod_wsgi e definiu uma diretiva obscura para mod_wsgi, que nem sequer está listada na documentação do mod_wsgi, chamada WSGIErrorOverride. Isso permitiria que o próprio Apache substituísse qualquer resposta de erro para a qual uma diretiva ErrorDocument fosse especificada.
A segunda é que você tem algum módulo especial do Apache instalado, o qual implementa um filtro de saída que está substituindo a resposta quando recebe certas respostas de erros HTTP.
Na verdade, eu não faço agora nenhum módulo padrão do Apache que faça o segundo, embora seja tecnicamente possível. Você, talvez, execute o PHP na mesma instalação do Apache, porque ele pode ser executado como um filtro de saída, é possível que eu ache que ele foi configurado para substituir a resposta.
De qualquer forma, você pode, talvez, descrever as partes mod_wsgi da sua configuração do Apache.