Eu apenas tentei o comando sudo fsck.vfat -a -l -v /dev/sdc2
e ele pareceu se encaixar quando eu coloquei o cartão CF no computador. Quando mais tarde liguei o iPod inteiro e executei o mesmo comando, isso confirmou que funcionava.
Eu achei que teria que digitá-lo todas as vezes, mas não. De qualquer forma, quem quiser realmente fazer isso agora pode.