O comando "esxcli software vib update" selecionará por padrão a versão mais recente de um pacote VIB e, se você observar cuidadosamente o número completo da versão (não apenas o último segmento que é o número de compilação), verá que 5.0.0-3.41.1311175 é realmente uma versão superior a 5.0.0-2.38.1311177 (porque 5.0.0-3 ... > 5.0.0-2 ...).
A razão pela qual existem duas versões diferentes de esx-base no pacote U3 é que a VMware diferencia entre correções de bugs somente de segurança e correções de bugs funcionais. A versão 5.0.0-2.38.1311177 do esx-base inclui apenas as correções de segurança, enquanto o 5.0.0-3.41.1311175 inclui correções funcionais e de segurança. Então, você vai querer instalar o último!
BTW, você realmente não deve atualizar o ESXi aplicando VIBs individuais, mas use
esxcli software profile update ...
com
esxcli software sources profile list -d /path/to/bundle.zip
você pode verificar quais perfis de imagem estão no pacote. No seu caso existe
- ESXi-5.0.0-20131002001-padrão (com correções funcionais e de segurança) e
- ESXi-5.0.0-20131001001s-standard (com correções apenas de segurança)
e você deseja instalar o primeiro com
esxcli software profile update -d /path/to/bundle.zip -p ESXi-5.0.0-20131002001-standard
Isso garantirá que você não apenas obtenha o pacote esx-base atualizado, mas também todos os outros VIBs atualizados com o pacote U3.
Você pode verificar quais VIBs são atualizados com cada pacote de patch da VMware consultando minha planilha no link .