Solução deste relatório de bug no Github: O plano de fundo da área de trabalho não é exibido corretamente
Certifique-se de atualizar todos os pacotes de muffins para a versão mais recente deles (3.2.2 no momento).
Depois, abra um terminal e digite:
gsettings set org.cinnamon.muffin background-transition fade-in
Isso deve resolver o problema das cores.