Claramente, isso é problema de banco de dados:
O Zabbix armazena todos os dados históricos e de processamento no banco de dados, que geralmente são MySQL InnoDB ou PostgreSQL (pode ser Oracle, mas isso não é um caso típico, mas aplica a mesma regra).
a) MySQL innodb:
Quando os arquivos InnoDB crescem, especialmente quando innodb_file_per_table é definido como off - eles podem nunca voltar ao tamanho real, a menos que você faça o dump / restore. É assim que é projetado e funciona: link
b) PostgreSQL:
Demorará algum tempo para recuperar espaço em disco, mas nunca será feito a menos que você vacuum na tabela: link
O Autovacuum também está disponível: link
Aqui está um bom manual e uma comparação entre diferentes métodos: link