Não tente disponibilizar o Jekyll para www-data
user.
Uma abordagem mais limpa e melhor será esta:
- Crie um novo usuário, dedicado a executar seu site Jekyll
- Disponibilize o Jekyll para esse usuário, teste se ele tem tudo de que precisa
- Crie um host virtual dedicado a executar seu site Jekyll
- Faça isso para ser executado como o novo usuário dedicado
- Tornar a raiz do documento de propriedade do novo usuário dedicado
Esta configuração deve ser mais fácil de testar, depurar e replicar e mais segura também.