dpkg -L libxml2-dev | grep tree.h
mostra que libxml / tree.h está em / usr / include / libxml2, não em / usr / include. Então, você provavelmente precisará adicionar -I/usr/include/libxml2
aos seus comandos do compilador. Eu não conheço esse Makefile em particular, mas normalmente você faria isso executando
CFLAGS=-I/usr/include/libxml2 ./configure
ou
CFLAGS=-I/usr/include/libxml2 make