Pode acontecer de a sua instância estar com algum estado quebrado e não poder arrancar. Isso explicaria o problema de não conectividade.
Eu sugiro criar outra Máquina Virtual limpa do zero e anexar o volume suspeito como um volume adicional, para que você possa montá-lo e inspecioná-lo. Se o host estiver quebrado, minha recomendação é copiar dados e começar de novo.
How is my server able to receive start/stop/reboot requests if all ports are closed?
A instrumentação de máquinas virtuais não é obtida usando suas comunicações TCP / IP com sua máquina convidada. Em vez disso, a plataforma de virtualização (via redes internas da Amazon) e o sistema operacional por meio do hypervisor de virtualização manipulam solicitações de inicialização / parada / reinicialização agindo diretamente. O mesmo acontece com snapshots de dispositivos, grupos de segurança ...: seu sistema operacional não precisa estar escutando: tudo é feito externamente.