O motivo pelo qual uma aprovação de algum tipo (geralmente email) é necessária é garantir que o proprietário do domínio solicitou o certificado ou aprova a emissão do certificado, caso não o tenha solicitado.
Para resolver suas dúvidas especificamente:
Is it important only for certificate generation ?
Geralmente, sim, mas o uso depende completamente do fornecedor do certificado.
Should it be available after the certificate generation complete ?
Você quer dizer que essa conta de e-mail ainda deve estar acessível? Ehh, provavelmente não é necessário, mas você pode querer isso.
When / why should emails be sent to this address ?
Bem, o processo de aprovação de um certificado SSL específico deve exigir apenas um email único, mas, novamente, todos os detalhes de implementação podem variar entre autoridades de certificação.