Se a Amazon faz isso de graça (Bem, não é gratuito, mas incluído com o faturamento por mensagem), Por que você deve gastar recursos para assinar seus e-mails ?. Pense nisso como uma questão de custos:
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E-mail assinado SES DKIM = 1 x mensagem SES
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E-mail assinado DKIM auto-calculado = 1 mensagem SES + CPU de assinatura DKIM
Pode parecer insignificante, mas pense em dezenas de milhares de e-mails por mês. Isso é muito do CPU gasto em algo que o SES já está fazendo sozinho.
Se a CPU gasta não é um problema, assinar seus e-mails duplamente não deve ser um problema.