Eu concordaria com a TomTom, que o Windows não ser ativado seria apenas remotamente possível, mas apenas para descartá-lo, você pode rearmar isso para que ele volte para uma versão de avaliação usando:
slmgr.vbs –rearm
só para descartar isso?
Deixando de lado a ativação como uma causa, tive problemas de desempenho quase idênticos em um servidor Windows 2008 em execução no ESXi, conectando-me a um banco de dados Oracle por meio do JBoss e SQL * Plus, a única diferença real sendo que minha instância do Oracle foi acessada pela nossa WAN.
Acabei resolvendo esses problemas seguindo as instruções em VMware KB 2008925 . Especificamente modificando o plano de energia de equilibrado para alto desempenho. Eu também já havia tentado desabilitar o TCO ( VMWare KB 1009517 ) usando
netsh int tcp set global chimney=disabled
que não parece fazer diferença, não descarto uma combinação dos dois, já que não o desfiz antes de mudar o Power Plan.