Eu vi o mesmo. Você já tentou usar sua ferramenta de configuração de aparência para alterar o tema do ícone? Eu não sei porque este é um problema de repente no Ubuntu 16.04, mas eu só vejo a maioria dos ícones que eu quero usar se eu mudar o tema do ícone para o Ubuntu-Mono-Light. Sem isso, o Dropbox, o Sparkleshare e vários outros se transformam em símbolos de erro.