Você pode modificar o arquivo de zona manualmente, pelo menos até onde eu sei.
O que você precisa ter cuidado é que você congele a zona antes da modificação ou existe a possibilidade de você criar uma condição fora de sincronia para o arquivo de zona.
rndc freeze {zone}
Depois disso, você pode editar o arquivo de zona com o seu editor favorito. Depois de terminar
rndc thaw {zone}
Estou usando esse processo há algum tempo.
Quanto a ter ddns, adicionar vários registros A ou CNAMES à zona, não sei se isso é possível. Eu nunca encontrei uma solução para esse problema e fui a rota de adicionar registros manuais para as poucas máquinas que eu preciso para essa capacidade.