Depois de examinar algumas fontes, parece que o problema está relacionado a um bug no shell do GNOME:
A alteração de fontes na ferramenta gnome-tweak pode fazer com que algumas fontes não sejam processadas corretamente em determinados aplicativos. Consegui que o Chrome fosse renderizado corretamente quando defini a fonte padrão como DeJavu Sans Condensed. Aqui está um artigo mais aprofundado discutindo fontconfig:
que explicaria por que o Firefox renderizaria tudo bem, mas o Chrome não.