Em suma, não. Você só pode tornar mais difícil e custoso para alguém extrair suas coisas proprietárias da imagem da VM; você não pode torná-lo impossível .
Depois de ter sua imagem de disco, posso fazer o que quiser com ela.
Mesmo se você criptografá-lo e incorporar uma chave de criptografia em algum lugar dentro dele, eu posso apenas examiná-lo até encontrá-lo.
A solução usual aqui é usar ferramentas de ofuscação de código, como Zend Guard para PHP, Dotfuscator para aplicativos .NET, etc.