Eu passei o dia todo tentando descobrir isso e acabou sendo muito simples, ugh. O que acabei fazendo foi:
location ~* \.php$ {
...
if ($host ~ ^api\.) {
set $api "/api";
}
fastcgi_param REQUEST_URI $api$request_uri;
...
}
Woo! Se alguém vir alguma coisa potencialmente errada sobre isso, por favor deixe-me saber! Parece estar funcionando embora.