Se você estiver usando encontre para gerar o script, dê uma olhada na ação -delete
Delete files; true if removal succeeded. If the removal failed, an error message is issued. If -delete fails, find's exit status will be nonzero (when it eventually exits). Use of -delete automatically turns on the -depth option
Você pode usar divisão para dividir o arquivo em partes. Você pode obter alguma milhagem do Paralelo GNU também.