Já tivemos essa situação no passado. Optamos por duplicar o site no IIS e, em seguida, trocamos os cabeçalhos de host, mas tivemos problemas porque alguns segundos para desativá-los.
Alterar o local do arquivo seria uma opção, mas estou disposto a apostar que o IIS reiniciará o aplicativo nesse caso. Não faria sentido que o aplicativo / site da Web não fosse reciclado depois que algo como uma localização de arquivo fosse alterada.
Possivelmente um script para alternar os cabeçalhos de host pode funcionar melhor entre dois aplicativos?