Você pode enviar ao radvd um sinal HUP e recarregar a configuração.
systemctl reload radvd.service
ou
service radvd reload
ou
killall -HUP radvd
dependendo do tipo (idade) do sistema em que você está executando.
Eu escreveria uma configuração em um arquivo temporário e usaria mv para movê-la para o lugar. Então faça o recarregamento. mv geralmente sendo uma operação atômica se estiver no mesmo sistema de arquivos.