Se você tem root em seu container, sim, apenas certifique-se de não ter nenhum aplicativo usando dados que devem ser movidos consistentemente (como um servidor mysql). É melhor parar o aplicativo durante o último rsync. (você pode fazer vários rsync para minimizar o tempo de inatividade de tal aplicativo). Também é melhor ter cuidado ao interromper todos os seus aplicativos no seu contêiner de destino