Eu faço exatamente a mesma coisa, mas ao contrário:
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.example\.com$
RewriteRule (.*) http://example.com/$1 [R=Permanent]
Observação: o sinalizador [R=Permanent]
usa um redirecionamento 301 Moved Permanently
.
Então, para você, seria:
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.example\.com$
RewriteRule (.*) http://www.example.com/$1 [R=Permanent]
Em segundo lugar, retire-o da tag <Directory>
.