Importar o certificado para o repositório de certificados do Windows não exige que você insira novamente a importação de postfasagem nem reinicialize, reinicie ou afete o IIS. Você nunca mais será perguntado, após a importação.
Siga os passos aqui para importar um certificado (iis7) .
Observe que é necessário combinar o certificado emitido e a chave privada não criptografada em um arquivo .pfx (formato PKCS # 12) para importá-lo para o IIS. Então, outra maneira de ver isso é que você não pode fazer isso.