O BCD não funciona bem com as alterações de hardware após a instalação. Quando você receber o erro, verá uma mensagem como esta:
Windows failed to start, a recent hardware or software change might be the cause. To fix the problem:
1. Insert your windows installation disc and restart your computer.
2. Choose your language setting, and then click "Next."
3. Click "Repair your computer."
If you do not have this disc, contact your system administratos or computer manufacturer for assistance.
Status: 0xc000000e
Info: the boot selection failed because a required device is inaccessible.
Eu posso pensar em duas soluções:
1) altere a ordem do hardware, isso pode ser feito alterando a posição do cabo SATA na placa-mãe que faz a última unidade do linux, ou seja, se você tiver apenas duas unidades, windows primeiro, linux por último. Ou se sua bios permitir que ela mude de ordem dentro da bios (maneira fácil).
2) Se a primeira solução não funcionar (e provavelmente não irá) reconstruir o BCD, fazendo reparações de inicialização com o Windows DVD, ou tente reparar com a inicialização avançada do F8.
EDIT (adicionado mais informações):
Também não vai doer para verificar esta informação: link
e, em particular, este Q / A: link