O motivo é que o parâmetro necessário Identity
no cmdlet Start-ManagedFolderAssistant
espera uma identidade de caixa de correio como entrada.
Se você quiser processar todas as caixas de correio em um determinado servidor de caixa de correio, poderá fazer assim:
$allMailboxes = Get-MailboxServer -Identity "mailboxserver.domain.tld" | Get-Mailbox -ResultSize unlimited
$allMailboxes | Start-ManagedFolderAssistant