Parece que você deu um caminho errado para isso, na verdade.
Tente usar ssh://[email protected]:port//home/git/repositories/MyRepoName.git
, pode ser.
Além disso, eu não acho que você tenha que especificar porta, é meio redundante, a menos que você tenha ssh escutando em algum outro lugar.
UPD.: Caso tudo seja realmente tão ruim com o software que você usa, você pode criar um link simbólico para rootfs no diretório do usuário, digamos ln -s / rootfs
, então git clone ssh://[email protected]:port/rootfs/home/…bla…bla…