Se você tiver mais de uma instância em execução nesse servidor ou outra coisa que possa estar colocando outro valor aqui:
PIDFILE=/var/run/$NAME.pid
Isso causaria o problema que você está vendo aqui, ele estará procurando o processo com o ID que está nesse arquivo para determinar se mongod
e o PID para parar ao desligá-lo.
Você também deve verificar as permissões nesse arquivo para garantir que o processo possa acessá-lo e atualizá-lo quando estiver inicializando.
Basicamente, precisamos ter valores separados de $ NAME para cada script de init que você está usando para evitar colisões, e certifique-se de que o valor PID correto esteja no arquivo para que o serviço funcione como esperado.
Se tudo estiver bem, suponho que você está enfrentando os problemas descritos aqui:
numactl sendo chamado (como deveria quando instalado) parece fazer com que o PID incorreto seja gravado no arquivo PID. Estamos à procura de feedback para resolver este problema, por isso, se puder adicionar a sua experiência (e se tiver uma instalação numctl), isso será apreciado.