Isso foi um pouco complicado, mas encontrei a solução na documentação do nginx sobre a localização .
Como existe uma diretiva de localização correspondente aos arquivos .php, isso terá precedência sobre o / webmail / location e, como isso não declara um local raiz, a raiz global será usada, o que ainda aponta para a pasta passageiro.
A solução foi adicionar uma diretiva root ao local de correspondência do php e limitar a execução do php ao caminho do webmail, assim:
index index.html index.htm index.php
location /webmail/ {
root /home/me/www;
}
location ~ /webmail/.*\.php$ {
root /home/me/www;
...
}
Agora tudo funciona.