Parece uma corrida no kernel do Linux entre semtimedop() timeout e semctl(2) com IPC_RMID :
link
O Ubuntu Kernel git diz que corrige foi mesclado em Ubuntu-2.6.38-13.56-7-ge635bd0 em 5 de março de 2012.
Atualizar seu kernel para (pelo menos) 2.6.38-14-generic (ou mover para LTS release em seus servidores de produção) deve corrigir seu problema.