Eu uso um servidor Linode e tenho cerca de meia dúzia de domínios rodando nele nos últimos dois anos sem problemas. Está executando o Ubuntu 10.04 e o Apache.
Hoje, por cerca de três horas, todos os pedidos de HTTP foram recusados. Eu era capaz de ssh in sem problema, e olhei para o log de erro do Apache e vi nada de interessante além de dezenas de erros 'o servidor mysql foi embora'.
O sistema está configurado para me pingar se a taxa de io ficar muito alta, o que acontece quando os sites do Drupal fazem um backup do mysql, mas isso não aconteceu hoje.
Eu também fiz um netstat -aon e verifiquei que os listeners para: 80 e: 8080 estavam rodando (Varnish on: 80), embora algumas das instâncias tivessem TIME_WAIT ao invés de LISTEN.
Alguns minutos após a reinicialização, tudo voltou ao normal. Qual poderia ser a causa disso?
Você verificou o error_log do apache, mas não o log do mysql. É altamente provável que o mysql tenha causado esse problema. O erro "o servidor mysql foi embora" deveria tê-lo informado sobre isso.
De qualquer forma, verifique seu log de erro no mysql, e aposto que você encontrou algo interessante.
Em relação aos seus estados TCP TIME_WAIT, isso não é inesperado, nem é algo para se preocupar.
Outra coisa é olhar para o seu firewall. Se isso acontecer de novo, eu executaria um iptables -L apenas para garantir que um processo não esteja colocando uma regra de firewall em vigor.