Acontece que estávamos usando a versão errada do aspnet_regiis.
Nós chamamos aspnet_regiis do diretório %Windows%\Microsoft.Net\Framework\v4.0.30319
.
Ao chamá-lo de %Windows%\Microsoft.Net\Framework64\v4.0.30319
, a versão de 64 bits, o comando relatou sucesso.
Ainda assim, uma mensagem de erro teria sido útil ...
EDIT:
Parece que o contêiner de chave não está disponível, a menos que você tenha um perfil de usuário.
Quando, em outro servidor, permitimos que a conta que usava "Logon as a Service" para acessar o contêiner de chave, ele falhava, mesmo que estivesse no grupo Administrador. Quando logamos fisicamente, criando um perfil de usuário, o contêiner de chave tornou-se disponível.