No início do script de inicialização, há um INIT INFO
block:
### BEGIN INIT INFO
# Provides: skeleton
# Required-Start: $remote_fs $syslog
# Required-Stop: $remote_fs $syslog
# Default-Start: 2 3 4 5
# Default-Stop: 0 1 6
# Short-Description: Example initscript
# Description: This file should be used to construct scripts to be
# placed in /etc/init.d.
### END INIT INFO
As primeiras três linhas são onde você tem que mudar para fazer o que você quer fazer. Provides
indica qual serviço seu script está sendo veiculado. Required-Start
é onde você colocará as dependências, como mongod
no seu caso e, se este for o caso, em Required-Stop
você irá configurar os serviços que devem ser parados antes de você parar o serviço.