O problema provavelmente se deve a várias instalações python em seu sistema. Você tem duas variáveis PYTHONPATH e PYTHONHOME. O módulo py3compile procura recursos diferentes usando essas duas variáveis. A variável PYTHONPATH aumenta o caminho de pesquisa padrão para arquivos do módulo. PYTHONHOME é usado para bibliotecas python padrão. O formato é o mesmo que o PATH do shell. Você precisa definir essas variáveis da seguinte maneira:
export PYTHONPATH='/path/to/pythondir:/path/to/pythondir/lib-dynload:/path/to/pythondir/site-packages'
export PYTHONHOME='/path/to/pythondir'