Você vai querer alguma configuração ao longo destas linhas:
$HTTP["host"] == "web1.com" {
server.document-root = "/var/www/web1.com/public_html"
}
$HTTP["host"] == "web2.com" {
server.document-root = "/var/www/web2.com/public_html"
}
Isso deve ser tudo o que é necessário para que esses dois diretórios sejam mapeados para esses dois cabeçalhos de host. Se isso não funcionar, você pode entrar em mais detalhes sobre quais tipos de problemas você está vendo ao tentar usar essa configuração?
Editar:
Para que os domínios www
sejam redirecionados para não-www, use uma configuração como esta:
$HTTP["host"] =~ "^www\.(.*)$" {
url.redirect-code = 301
url.redirect = (
"/(.*)" => "http://%1/$1"
)
}