Em relação à comunicação com a nuvem, sim, o SSL é usado, é descrito no link .
Sobre a criptografia de armazenamento, ela não está especificada na declaração de privacidade. Lembro-me de ter lido em algum lugar que ela não está criptografada. De qualquer forma, você deve poder usar o encfs ou outro mecanismo de criptografia baseado em arquivos.
Atualização: Eu encontrei a seguinte resposta sobre o sucesso usando o encfs com o Ubuntu One: link
Update2: Um guia completo explicando como fazer por criptografia de arquivo no UbuntuOne pode ser encontrado aqui
Update3: A palavra oficial é que o armazenamento é não criptografado .