Eu suspeito que isso é porque você não está formatando a partição (não se esqueça de marcá-la como 'ativa' também). Consulte os exemplos neste artigo da TechNet: ModifyPartition . Além disso, você está criando seu arquivo autônomo com WSIM ? O WSIM pode ser muito útil na criação de arquivos autônomos e possui um recurso de validação para garantir que não haja erros no arquivo.