Não tenho certeza se o Windows Server 2008 R2 suporta a configuração de rede que você usou lá, nem no Virtual Machine Manager 2008 R2 nem no Hyper-V Manager em 2008 R2 eu vejo como definir o entroncamento de VLAN em um por máquina virtual. Na minha configuração, por configuração de rede do Virtual Machine Manager 2008 R2, vejo isto:
No switch, tenho a VLAN 1 definida como a principal (não marcada) e tudo o mais marcado e as portas de switch do servidor definidas como tronco. Em seguida, configurei minha caixa Vyatta para que ela tenha um único NIC por VLAN que eu queria acessar, nunca consegui configurar um tronco na VLAN e o gerenciamento da VM parece indicar que não é possível em 2008 R2, e eu não tenho certeza se é realmente implementado para isso.
Eu sei que o cmdlet Set-VMNetworkAdapterVlan
PowerShell foi adicionado no pacote de gerenciamento do WMF 3.0, que é recomendado não ser instalado no 2008 R2 atualmente porque foi lançado com problemas sérios. (O WMF 4.0 deve ser lançado em breve e resolver esses problemas, acredito.) É possível que o cmdlet que você está usando para definir o adaptador de rede da VM do Vyatta para o modo troncalizado não esteja totalmente implementado no 2008 R2. Eu nunca vi uma VM configurada no modo troncalizado.
Infelizmente, eu não tenho uma configuração do 2012 com o Vyatta e o Wireshark para testar sua configuração.