Todos os módulos no nginx são compilados no binário principal, portanto, qualquer atualização no nginx também atualizará os módulos.
Eu não estou familiarizado com o apt-get, mas acredito que o artigo ao qual você está se ligando é basicamente apenas modificar o pacote para que ele use os módulos adicionais. Qualquer atualização do repositório irá revertê-lo de volta aos módulos de estoque.
Se você precisa de módulos específicos para o nginx, provavelmente é melhor compilar você mesmo. É relativamente simples, simplesmente passe a opção apropriada para o comando configure
para incluir um módulo específico (por exemplo, --with-http_gzip_static_module
para o módulo estático gzip). É definitivamente possível fazer o script, embora não tenha certeza de como você determinaria automaticamente qual é a versão atual.